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编译服务: 人类遗传资源和特殊生物资源流失 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn 编译时间: Jul 17, 2019 点击量: 21

欢迎阅读2019年7月12日的研究综述,这是Broad研究所科学家及其合作者最近发表的研究综述。

一个新的RNA编辑器到RESCUE

在Science,由Omar Abudayyeh,Jonathan Gootenberg和核心研究所成员Feng Zhang领导的研究小组报告了一种新的基于CRISPR的RNA编辑器,可以将胞嘧啶碱基转化为尿苷。该平台名为RESCUE(特定C到U交换的RNA编辑),显着扩展了CRISPR工具可以靶向的环境,并且可以更容易地靶向调节许多蛋白质的活性和功能的位点。这项工作建立在REPAIR上,这是一个由2017年开发的RNA编辑工具,用于将腺嘌呤碱基转化为肌苷。阅读MIT / Broad新闻报道中的更多内容。

散布一种方法来一次标记一个核

单核RNA测序(snRNA-seq)是用于研究复杂组织中细胞状态,类型和功能的关键方法。因此,snRNA-seq有助于推进遗传学研究,临床试验和构建细胞地图集。然而,为了使snRNA-seq的成功最大化,迫切需要消除与处理大量样品相关的批次效应并降低相关成本。由Jellert Gaublomme,Bo Li,研究所科学家Orit Rozenblatt-Rosen,核心研究所成员和Klarman Cell Observatory主任Aviv Regev及其同事领导的团队通过开发一种称为“核散列”的方法来解决这些局限性,其中他们标记了个体的核心具有独特DNA标记抗体的细胞。阅读更多Nature Communications。

转录因子可能表明胰腺癌复发的可能性

大约一半的胰腺神经内分泌肿瘤(PNETs)不产生过多的激素,称为非功能性PNETs,复发转移性疾病。在自然医学中,研究人员提出了一种预测个体患者复发可能性的可能方法。 Yotam Drier,Chuck Epstein,Noam Shoresh,Elizabeth Gaskell以及研究所成员和表观基因组学项目主任Bradley Bernstein发现,84%的分析非功能性PNET表达了两种转录因子中的一种或两种。与不表达PDX1的患者相比,单独或与其他因子一起表达因子PDX1的患者不太可能经历复发。这些信息最终可以帮助医生确定手术后监测患者的密切程度。

细菌的食欲可能是他们死亡的关键

提高细菌的代谢率可以提高抗生素的有效性,因为这些药物针对需要能量的过程。从本质上讲,细菌需要消耗毒素来杀死它们,它们消耗的越多,它们的死亡就越可能。在细胞代谢中,乔纳森·斯托克斯,艾莉森·洛帕特金和研究所成员詹姆斯·柯林斯 - 都在布罗德的传染病和微生物组计划中 - 介绍了细菌代谢与抗生素疗效之间关系的现有知识。研究人员讨论了我们对这种关系的理解,即开发高效,精确的抗菌疗法,可以克服细菌用于逃避抗生素的机制。

解决镰状细胞病

重新开始转化胎儿血红蛋白基因可以治疗镰状细胞病。由准会员Daniel Bauer领导的团队,包括Falak Sher,Mir Hossain和波士顿儿童医院的Davide Seruggia,使用汇集的CRISPR致密诱变来破坏核小体重塑和脱乙酰酶(NuRD)染色质复合物的成员,后者控制胎儿的血红蛋白水平。出现在Nature Genetics中,该研究发现了NuRD中的区域,例如其与CHD4核小体重塑器的连接,这可能是治疗性增强胎儿血红蛋白同时避免细胞毒性的有希望的靶标。该研究说明了不可知基因编辑如何识别在普遍存在的染色质复合物中具有特定生物学作用的蛋白质序列。

爸爸的基因

年长的父亲的孩子更容易患有精神疾病和发育障碍,这种影响以前归因于随着男性年龄增长而在父系生殖细胞中累积的新突变。由Jacob Taylor和研究所成员Elise Robinson领导的一个小组在斯坦利精神病研究中心分析了来自亲子三重奏的全外显子组测序数据,发现与父亲相关的突变导致自闭症谱系障碍(ASD)的风险略有增加,先天性心脏病,癫痫,智力残疾和精神分裂症(SCZ)的神经发育障碍。在Nature Communications中描述,该研究还发现ASD和SCZ与父亲年龄相关的风险无法通过新的突变得到充分解释,因此其他因素也在发挥作用。

癌症的依赖性图谱成形

在其近15年的历史中,癌症依赖性地图(DepMap)项目一直在编目数百种癌细胞系的遗传脆弱性和小分子敏感性,所有这些都旨在为患者带来新的治疗选择。在Broadminded博客的专题报道中,DepMap领导人Todd Golub,William Hahn,Jesse Boehm,Aviad Tsherniak和Francisca Vazquez深入研究了该项目迄今为止的起源,努力和影响,以及功能遗传学,化学生物学,和数据科学,使其独特。

 

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