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编译服务: 人类遗传资源和特殊生物资源流失 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn 发布时间: May 18, 2020 点击量: 167

非洲卓越中心的基因组学的研究人员传染病(ACEGID)和麻省理工和哈佛,连同他们的研究和公共卫生合作伙伴,正加紧为铁卫军的项目,一个预警系统,旨在结合基因组学与新的信息技术实时检测和应对新出现的病毒威胁。

“哨兵项目”是“大胆项目”选定的8个新项目中的第一个。“大胆项目”是一个设在TED的合作项目,支持为“世界上最紧迫的挑战提供大胆解决方案”的项目。该项目早在2019冠状病毒病出现之前就已构思,是今年选定的三个与大流行有关的项目之一。剩下的2020年将在接下来的几周内公布。

在尼日利亚、塞内加尔、塞拉利昂和利比里亚的ACEGID合作站点,已经使用了Sentinel元素来应对COVID-19。上周,世界卫生组织非洲地区报告说,在整个非洲大陆,新冠肺炎病例增加了43%,相关死亡人数增加了38%。世卫组织官员警告说,非洲可能成为下一个大流行的中心。

“我们已经看到研究人员和医疗工作者以不同寻常的方式团结起来抗击这一流行病,”acgid主任、尼日利亚救赎大学(Redeemer 's University)分子生物学和基因组学教授克里斯蒂安·哈比(Christian Happi)说。“《哨兵》是,而且将继续是这方面的一个强有力的例子。”

“这大流行表明我们措手不及,我们如何在世界各地规模这么大的危机,“说当然喽Sabeti, Broad研究所的成员,机体教授和哈佛大学进化生物学和免疫学教授和传染病陈在哈佛公共卫生学院的。“虽然很明显,我们都远远落后于形势,但这场大流行有望促使政府领导人采取新的工具和技术来抗击covid -19,并利用它们为未来的疫情做好准备。”

Sabeti和Happi一起研究传染病已经有20年了,他们上周在“TED2020:前传”的TED演讲中描述了这个哨兵项目。

除了学术和临床合作伙伴,Sentinel团队还包括Fathom Information Design、MASS Design Group和Dimagi等长期合作伙伴。

三大支柱的方法

Sabeti和Happi将该项目描述为一个包含三个支柱的系统:检测、连接和授权。

对于第一个支柱,检测,研究人员正在利用超敏感的基因组和CRISPR技术来检测病原体。一个例子就是“夏洛克”,这个平台使用一个简单的纸条来检测病毒,最终甚至可以在最偏远的地区使用,只需要很少的设备,甚至可能根本不需要。另一个诊断平台CARMEN利用微流体技术大规模扩展CRISPR诊断技术,可以同时测试数百种已知病毒。卡门需要一个实验室来使用,最近在《自然》杂志上有描述。通过Audacious提供的资助将允许团队改进、验证和部署这两种研究技术。

对于第二个支柱,Sentinel将利用移动应用程序和基于云的系统,将公共卫生社区与这些检测平台收集的数据连接起来,使医疗工作者和公共卫生官员能够实时共享数据、分析和见解。这套工具包括Dimagi的CommCare和Fathom的连接移动应用Scout和数据可视化仪表板。它还包括Broad的Terra平台,允许基于云的基因组数据分析。

最后,它将通过培训数千名卫生保健专业人员使用Sentinel工具,部署这些用于人群水平测试的诊断技术,授权公共卫生社区。这是建立在ACEGID和广泛的经验,培训超过900个人从世界各地。

通过统一这三个支柱,Sentinel团队的目标是在大流行开始之前就发现并预防它。可以利用Sentinel的许多方面帮助立即控制COVID-19大流行。

十多年来,哨兵小组的成员利用这些方法控制猴痘和黄热病等疾病,为许多哨兵伙伴国家带来了最先进的基因组学能力。他们的团队也处于埃博拉、寨卡和拉沙热爆发的最前沿。

最近,Happi在Redeemer大学的实验室对非洲大陆的第一个COVID-19基因组进行了测序。他说:“整个国际社会现在都可以使用这个系统。”“共享数据是Sentinel的核心。”

Sentinel团队将利用他们现有的合作,首先在西非和中非部署该项目,最终扩展到其他国家和地区。

非洲疾病控制与预防中心主任John Nekengasong说:“Sentinel在改变非洲传染病监测方面的潜力是无限的,它的使命是对我们自己的使命的补充:加强监测,改进应急响应,并管理具有区域和国际影响的公共卫生状况。”

尼日利亚疾病控制中心主任Chikwe Ihekwuezu说:“利用先进的基因组学和分析基础设施支持病人和人群的诊断潜力的机会为该国和该地区提供了一个令人兴奋的机会。”

Sabeti说:“‘哨兵’的整个理念是,我们都可以站岗保卫我们的社区。”“我们每一个人都可以成为医疗系统的哨兵,发现是什么让我们生病,在这个过程中,我们可以警告我们的社区。这是我们深切希望的——我们每一个人都能在打击致命威胁的斗争中获得力量和相互支持。”

 

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