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编译服务: 转基因生物新品种培育 编译者: Zhao 编译时间: May 27, 2017 浏 览 量: 11

响应于激活信号,转录因子(TF)结合DNA并调节基因表达。TF的结合可以用DNase消化的结合序列保护测量(即,足迹)。在这里,我们报告了80%的TF结合基序不显示一个可衡量的足迹,部分原因是由于主题序列中的一个可变卵裂模式。为了更如实地描述转录因子对染色质的影响,我们开发了一种算法,捕获依赖于两个转录因子影响染色质的情况:足迹和序列侧翼的可达性。该算法称为二元基因组足迹(BaGFoot),有效检测TF活性。BaGFoot相比不同的可达性分析(DNase seq,ATAC SEQ)、所有检查峰值调用程序,以及各种切割偏差修正方法来说是粗浅的。BaGFoot可靠的预测了转录因子的结合,并提供影响各种生物系统中染色质可及性和紧随其后的各种生物事件的转录因子方面的有价值的信息,包括有时候一个完整的足迹都检测不到。

  
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