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    中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据(截止2月12日),通过全基因组数据解析,追溯传染源及扩散路径。

    2019年12月在湖北武汉爆发了一种新型冠状病毒(SARS-CoV-2)所致的肺炎(现称COVID-19),新型冠状病毒爆发已两个多月,确定华南海鲜市场是不是唯一的发源地,对于寻找病毒的来源,以及确定中间宿主,对疫情的控制和避免再次爆发具有至关重要的意义。中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据(截止2月12日),通过全基因组数据解析,追溯传染源及扩散路径。研究发现,收到的93个样本包含58种单倍型,可以归纳为五组,包括3个古老超级传播者单倍型(H1,H3和H13)和2个新的超级传播者单倍型(H56和mv2);华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来,在市场中发生快速传播蔓延到市场之外;同时,现扩散的病例至少来自于3个途经。新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张(分别是12月8日和1月6日)。

      华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入的

      基于120个变异位点得到58种单倍型(基因类型),单倍型演化关系显示,单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型,通过一个中间载体(mv1,可能是一个祖先单倍型,可能是来自中间宿主或者“零号病人”)与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联,并通过单倍型H3衍生出了单倍型H1。与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生的单倍型H2,H8-H12(图1,A),而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。可见,华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来,在市场中发生快速传播蔓延到市场之外。另外,根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断,也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。

    对“古老的”单倍型H13和H38的病毒样品溯源发现分别是来自深圳的病患(广东首例)和美国华盛顿州的病患(美国首例)。他们的旅行记录表明应该都是2019年12月底至2020年1月初在武汉探亲期间被感染的。现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型,可能是因为现有样品主要采自几家定点医院,而且样品采集时间局限于2019年12月24日和2020年1月5日。如果能在武汉其他医院早期的病患检测到这两种单倍型,将对于寻找病毒来源非常有帮助。

      新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张

      根据新型冠状病毒基因组数据推算1月之前的种群扩张发生时间是12月8日,该结果暗示病毒可能在12月初,甚至11月下旬即已经开始有人际传播,随后在华南海鲜市场加快了人际传播。研究推算2月份之前的种群扩张时间在1月6日,这个可能与元旦假期有关联。需要指出,这一天国家疾控中心发布了2级应急响应。当时的预警起到了一些警示作用,公众活动和出行都有所减少。如果当时的警示能引起大众更广泛的重视,那么1月份中下旬向全国和全球蔓延的病例会有所降低。研究人员进一步确认我国其他9个省区和其他11个国家的感染病例基本都是从武汉直接或者间接输入而来。

      现扩散的病例至少来自于3个途径

      为了能够细分来源,研究人员将58种单倍型分成了五组,采用标准是3个中心(古老超级传播者)单倍型(H1,H3和H13)和2个新的超级传播者单倍型(H56和mv2)。以此鉴别出广东的病毒可能有三个来源,重庆和台湾的病毒有两个来源。其中,广东深圳一家人在早期就通过人传人进行了传播。有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国,他们的患者感染源至少有两个,尤其是美国包括了五个来源。非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型,它同时是澳大利亚、法国和美国,以及我国台湾患者的传染源。其他国家患者因为样品比较少,大多数的来源比较单一,他们除了是武汉旅游输入或在武汉感染外,有一些人可能是在广东、新加坡等地被感染。

      新型冠状病毒基因组尚未发生重组事件

      研究人员发现新型冠状病毒基因组没有发生重组事件,93个基因组之间有120核苷酸发生了突变(0.41%序列长度),并均匀分散在10个编码区(χ2=1.958, df=9, P=0.99)。120个突变的核苷酸关联了119个氨基酸密码子,其中79个密码子 (65.83%)改变了氨基酸类型,并有42个(53.17%)氨基酸理化性质都被改变。这些氨基酸类型以及理化性质改变是否会影响新型冠状病毒的活性暂不清楚,需要其他蛋白组学和结构生物学方面的专业人士进行验证。本研究是版纳植物园综合保护中心生物多样性研究组的科研人员利用其在系统与演化领域的专长开展的,本研究提到单倍型演化关系分析方法可以结合到传染病学研究中,对于寻找传染源,以及精确的传播和扩散方向能提供非常重要的信息。

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    2020年2月24日,在结束对中国为期9天的考察后,中国—世界卫生组织新冠肺炎联合专家考察组在京举行新闻发布会,介绍考察情况以及对中国及全球疫情防控的建议。

      联合专家考察组由25位来自流行病学、病毒学、临床管理、公共卫生等领域的中外专家组成。在华期间,考察组与国务院应对新冠肺炎疫情联防联控机制相关成员单位举行座谈,赴北京、广东、四川和湖北实地调研,全方位、深入了解全国和相关省市疫情形势、防控措施、医疗救治、社区(农村)防控、科研攻关等情况。

      考察组认为,新型冠状病毒是一种新的病原体,对病毒传播机制和疾病严重程度的认识还在不断深入,全球防控工作仍面临严峻挑战。中国采取了前所未有的公共卫生应对措施,在减缓疫情扩散蔓延,阻断病毒的人际传播方面取得明显效果,已经避免或至少推迟了数十万新冠肺炎病例。此外,中国也在保护国际社会方面发挥了至关重要的作用,为各国采取积极的防控措施争取了宝贵的时间,也提供了值得借鉴的经验。中国正在采取谨慎、分阶段、有序的方式,逐步恢复社会、经济、教育和医疗等各部门的正常秩序。其他国家应迅速重新评估对中国采取的措施。

      考察组建议各国开展积极主动的监测,早发现、早诊断、早隔离、早治疗,严格追踪并隔离密切接触者。对有输入性病例或疫情暴发的国家,考察组建议立即启动国家应急处置方案,确保各级政府采取必要的干预措施,阻断疫情传播,做好相应准备和应对预案,必要时采取更为严格的措施。考察组呼吁各国加强对疫情信息的共享,团结一致,共同应对新冠肺炎的挑战。

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    背景:新兴的2019新型冠状病毒(2019-nCoV)已将全球多个国家推向紧急状态。结膜可能传播2019-nCoV引起争议,并对公共卫生产生重大影响。

    方法:开展回顾性队列研究,调查2019-nCoV通过结膜气溶胶接触传播的可能性。我们登记了2020年1月17-28日共67例新冠状病毒肺炎(NCP)确诊或疑似病例。采集鼻咽和结膜拭子进行实时RT-PCR分析,检测2019-nCoV。

    结果:63例患者被确认为实验室确诊的NCP,其余4例被怀疑为NCP。1例NCP患者结膜拭子PCR阳性,2例NCP患者PCR可能阳性。三个病人都没有眼部症状。仅有一名以结膜炎为首发症状的NCP患者结膜囊2019-nCoV试验呈阴性。4例NCIP疑似病例结膜拭子均为阴性。

    结论:NCP患者结膜囊可检出2019-nCoV。经临床分析,不支持结膜途径的病毒传播,良好的临床防护能有效切断传播途径。

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    截至2020年2月8日,2019-nCoV疫情已在中国和其他24个国家蔓延。2020年1月23日,中国湖北省武汉市在疫源地实施的大规模检疫措施,已经阻止了武汉与其他地方之间的人口迁移。然而,据当地政府称,在2020年1月23日之前的几周内,已经有超过500万人从武汉前往中国其他地区,其中大部分(79.96%)前往湖北省其他城市。医疗资源已成为应对这场公共卫生危机的主要瓶颈。疫情的突然爆发和感染规模之大,导致湖北省医疗资源严重短缺。到目前为止,已经有超过11000名非本地医疗专业人员,由中国其他地区的公共卫生当局动员,在武汉抗击这一流行病。然而,鉴于疫情的严重性,这对武汉来说远远不够。除武汉外,湖北其他城市在卫生资源方面也急需外部帮助,因为正在发生多起局部疫情。2020年2月7日,国家卫生委员会启动“一省一市”计划,明确指定一个省对湖北省一市进行救助。两个具有操作性的关键问题仍然存在,湖北和其他省份的哪些城市最容易发生局部疫情,公共卫生当局应如何平衡压力下的医疗资源,以最好地抗击疫情,将风险降到最低?本研究的目的是通过开发一个整合人类活动和医疗资源数据的脆弱性分析框架来阐明这些问题。

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    自2019年12月以来,一种名为2019-nCoV的新型冠状病毒的爆发,极大地威胁了中国的公共健康,引起了全世界的高度关注。目前还没有针对这种感染的具体治疗方法。我们以前报道替考拉宁是一种糖肽类抗生素,它经常被用于临床治疗低毒性细菌感染,通过特异性抑制组织蛋白酶L的活性,显著抑制埃博拉病毒、SARS-CoV和Mer-CoV细胞的侵袭。我们测试了替考拉宁对2019-nCoV病毒感染的疗效,发现替考拉宁能有效地阻止2019-nCoV穗状假病毒进入细胞质,IC50为1.66μM。尽管对野生型病毒体内外复制的抑制作用尚待确定,但我们的初步表明,替考拉宁具有潜在的抗病毒活性,可用于治疗2019-nCoV病毒感染。

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    该研究从广东省疾病预防控制中心确诊的NCP患者中收集包括鼻拭子、咽拭子、痰和支气管肺泡灌洗液(BALF)在内的呼吸道样本,并使用CFDA认可的检测试剂盒检测病毒RNA。结合样品收集日期和临床信息对结果进行了分析。分析显示,除BALF外,在发病后的前14天(d.a.o,发病后天数),重度和轻度病例的痰阳性率最高(74.4%?88.9%),其次是鼻拭子(53.6%?73.3%)。对于收集的≥15 d.a.o的样品中,痰和鼻拭子的阳性率仍然很高,在42.9%?61.1%之间。收集到的≥8 d.a.o的咽拭子阳性率不高,尤其是在轻度病例中。在重症患者的所有下呼吸道中都可以检测到病毒RNA,而在轻度病例中则没有。02、07和13号病例的CT扫描显示典型的病毒性肺炎伴有磨玻璃样阴影,而在前3例或全部上呼吸道样本中未检测到病毒RNA。研究结果表明,痰对于NCP的实验室诊断最准确,其次是鼻拭子。BLAF中病毒RNA的检测对于重症病毒的诊断和监测是必要的。CT扫描可作为诊断NCP的重要补充。

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    "研究讨论了2019-nCoV典型肺炎患者胸部CT和RT-PCR检测之间的关系。

    一些胸部CT阳性的患者可能对2019新型冠状病毒(2019-nCoV)实时逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测产生阴性结果。该项研究报道了5例2019-nCoV感染患者的胸部CT表现,这些患者最初的RT-PCR结果均为阴性。这五名患者均具有典型的影像学表现,包括毛玻璃样(GGO)征(5例)和/或混合GGO和混合实变(2例)。在分离出估计的2019-nCoV后,通过反复的口腔拭子测试最终确认所有患者均患有2019-nCoV肺炎。对于临床高度怀疑2019-nCoV感染但RT-PCR筛查阴性的患者,重复拭子测试和CT扫描相结合可能会有所帮助。"

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    中国新型冠状病毒肺炎(NCP)的暴发引起口罩等医疗资源的短缺,为今后传染病疫情应急预案的制定提供了思路。

    根据政府网站如国家卫生委员会、工业和信息化部、疾病预防控制中心等提供的数据,利用数学模型进行短缺分析。结果发现,如果仅在湖北省暴发NCP疫情,全国范围内的口罩供应足以满足医护人员和普通民众的需要;如果疫情在湖北和广东两省都发生,且不采取其他公共卫生干预措施,全国的口罩供应只能持续34天;如果疫情发生在整个中国,口罩供应只能持续16天,短缺情况大大恶化;到2020年2月中旬,口罩将短缺115亿个。医疗资源不足会严重影响公共卫生措施的效果,有效的公共卫生干预也应考虑现有医疗资源的充分性和可承受性。加强全球合作,缓解受影响国家的医疗资源危机,可以防止传染病疫情从区域性流行病发展为全球性流行病。

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    研究首先基于公开的单细胞RNA-Seq数据集,分析了呼吸道中不同组织的ACE2 RNA表达谱。结果表明,ACE2在鼻粘膜上皮细胞中出现表达。随后,对近期报道的亚洲人群样本进行分析,发现在鼻粘膜上皮细胞中ACE2的表达量与ACE2的II型肺泡细胞(AT2)数量相当。通过PCR进一步检测了7例疑似病例的鼻拭子和咽拭子中的2019-nCoV,发现,与咽拭子相比,2019-nCoV在鼻拭子中具有更高的浓度,推测可能与ACE2在鼻粘膜上皮细胞中大量表达有关。

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    对nCoV-2019的基因组分析确定其与2013年从蝙蝠中分离出的冠状病毒(RaTG13)相似度为96%,但是这两个基因组的受体结合基序(RBM)却具有较低的序列相似性。这种差异表明,nCoV-2019可能存在一个RBM编码序列的替代来源。我们检测到马来亚穿山甲重组冠状病毒基因组与新冠病毒在同一个 RBM 片段上具有 89% 的核苷酸和 98% 的氨基酸同源性。这一发现表明nCoV-2019的起源可能更为复杂,穿山甲可能是新型冠状病毒的中间宿主。

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