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    病毒会与我们长期共存吗?气溶胶传播如何防范?近日,白岩松连线在武汉的呼吸与危重症医学专家、中国工程院副院长、中国医学科学院院长王辰。以下10个关键词,将带您快速读懂专家的分析和判断:收治、病例、比例、治疗、方舱、发现、传播、复工、共存、康复。

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    bioRxiv预印本平台于2月11日出版了华盛顿大学等发表的论文“Exploring the coronavirus epidemic using the new WashU Virus Genome Browser”,文章介绍了WashU病毒基因组浏览器的功能等相关内容。截至2020年2月7日,已对44株2019-nCoV病毒开展了测序,并上传至NCBI的GenBank,这对于深入理解新型冠状病毒的进化史和发病机理具有重要意义。这项研究介绍了WashU病毒基因组浏览器,这是一个基于Web的门户网站,用于查看病毒基因组数据。该浏览器拥有16个完整的2019-nCoV基因组序列,以及数百种相关病毒序列,其中包括严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV),中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)和埃博拉病毒。此外,浏览器还具有独特的可定制性,支持用户以各种格式上传新型病毒序列。序列既可以轨迹的形式表达来查看,也可以系统发育树视图来查看,从而使用户可以轻松比较多个菌株之间的序列特征。WashU病毒基因组浏览器继承了WashU表观基因组浏览器的许多特征和轨迹类型,并且还合并了一种新型的SNV轨迹来满足病毒研究的特定需求。从https://virusgateway.wustl.edu访问该病毒浏览器门户,并且可以从https://virusgateway.readthedocs.io/获得使用文档。

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    受新型冠状病毒(2019-nCoV)在中国大陆迅速传播的推动,我们使用全球性的人口传播疾病传播模型来预测国内和国际旅行限制对这一流行病在国家和国际范围的影响。该模型是在武汉实施旅行隔离之前,根据国际进口案件的证据进行校准的。假设产生时间为7.5天,则繁殖次数估计为2.4 [90%CI 2.2-2.6]。到2020年1月23日,旅行禁止实施之前的病例数中位数估计值在武汉为58956 [90%CI 40,759-87,471],在中国大陆其他地区为3,491 [90%CI 1,924-7,360]。该模型显示,截至1月23日,大多数中国城市已经收到了相当数量的感染病例,而旅行检疫仅将总体流行病情延迟了3-5天。在国际范围内,旅行隔离的影响更为明显,据我们估计,到2月底,进口病例的数量将减少80%。模型结果还表明,除非与社区传播减少50%或更高的情况相结合,持续90%的往返中国大陆的旅行限制只会对流行轨迹产生适度的影响。

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    2月12日,medRxiv预印本上发表了一篇来自我国中山大学、沈阳农业大学和美国波士顿大学、哥伦比亚大学团队的题为“Distribution of the 2019-nCoV Epidemic and Correlation with Population Emigration from Wuhan, China”的文章。我国仍在蔓延的2019- nCoV肺炎疫情尚未达到高峰。在武汉封城之前,已有500万人从武汉出行迁出,这可能是病毒传播者的来源。文章认为武汉市早期疫情的病例分布及其与人口迁出的关系,对今后疫情的预警和预防具有重要意义。文章收集了截至2020年1月30日我国正式报告的2019-nCoV肺炎病例。利用ArcGIS和WinBUGS对这些病例的时间和位置信息进行了提取和分析。武汉市和湖北省的人口迁移数据由“百度迁徙”提取,并与病例数量进行相关分析。分析结果表明,2019-nCoV肺炎病例主要分布在湖北等华南省份。热点省份包括与湖北相邻的四川省和云南省。虽然武汉市的病例数量最多,但时间风险相对稳定;而一些城市的病例数量相对较低,但时间风险不断上升。湖北省内不同城市的病例数量与武汉市来源人口有高度相关性。对湖北省19个城市实施封锁,并在全国范围内实施控制措施,有效地防止了病例数的指数增长。文章认为武汉市外来人口是其他省市的主要传染源。一些省市的病例数少,但增长迅速。由于春节返程大潮即将来临,了解不同地区的风险趋势,对个人和机构的防备都具有重要意义。

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    正如世卫组织将风险评估提高到高水平所表明的那样,2019-nCoV的全球传播正在持续并且正在迅速发展。在本文中,意大利等国的研究者提供了对该新病毒的初步系统动力学和系统地理分析。使用29种可用的2019-nCoV全基因组序列和两个全基因组序列构建了最大进化枝可信度树,这两个全基因组序列与GeneBank中蝙蝠SARS样冠状病毒的序列高度相似。能够弄清从患者那里获得2019-nCoV序列分离株的国家之间的传播机制。贝叶斯植物谱学重建显示,2019-2020年nCoV最有可能起源于Rhinolophus蝙蝠家族中传播的蝙蝠SARS样冠状病毒。根据流行病学观察,新暴发的最可能地理起源是中国武汉市,根据分子钟分析,该病的最新共同祖先的2019-nCoV时间出现在2019年11月25日左右。这些结果,与先前记录的流行病一起,表明由Beta冠状病毒引起的周期性流行病暴发的复发模式。此外,研究描述了SARS 2003流行病的相同种群遗传动态,并提出了迫切需要发展蝙蝠家族的动物和犀牛中Beta冠状病毒的有效分子监视策略。

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    中国医学科学院与中国疾病预防控制中心研究者于2020年2月11日在bioRxiv上发表题为“The Pathogenicity of 2019 Novel Coronavirus in hACE2 Transgenic Mice”的文章。预防和治疗新型冠状病毒肺炎的首要任务是在体内发现2019-nCoV的致病性。在感染的转人类ACE2基因(hACE2)小鼠中检测到体重减轻和病毒复制。典型的组织病理学表现是间质性肺炎,在细支气管和血管周围有大量炎性细胞浸润,并且在支气管上皮细胞和肺泡上皮细胞中观察到病毒抗原。在感染2019-nCoV的野生型小鼠和模拟感染的hACE2小鼠中未发现该现象,这阐明了hACE2小鼠中2019-nCoV的致病性,并验证了科赫假设。该模型可能有助于开发针对2019-nCoV的疗法和疫苗。

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    随着分子测定法的广泛使用,病毒病原体在社区获得性严重呼吸系统疾病的重症成年患者中得到了越来越多的认识。研究已经在这类患者中检测到了17-53%的呼吸道病毒感染(RVI)。此外,仍在确定包括动物传染性冠状病毒在内的新型病原体,例如引起严重急性呼吸系统综合症(SARS)的药物,中东呼吸综合症(MERS)和2019年新型冠状病毒(2019 nCoV)。需要ICU护理的严重RVI患者通常会出现低氧血症性呼吸衰竭。奥司他韦是用于治疗流感的最广泛使用的神经氨酸酶抑制剂。数据表明,早期使用可降低重症流感患者的死亡率。目前,尚无针对其他严重RVI的已证明疗效的抗病毒治疗。已经研究了几种辅助药理干预措施的免疫调节作用,包括大环内酯类,皮质类固醇,环氧合酶-2抑制剂,西罗莫司,他汀类药物,抗流感免疫血浆和维生素C,但目前在严重的RVI中不推荐使用。循证支持治疗是治疗严重呼吸道病毒感染的主要手段。严重RVI导致急性低氧血症性呼吸衰竭和肺炎的患者的非侵入性通气与向侵入性通气过渡的可能性很高。现有的知识有限,突出表明需要针对重症RVI的重症患者的支持治疗和辅助药物治疗的数据。需要更实用和有效的设计来单独地或组合地测试不同的疗法。

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    自2019年12月1日在中国湖北省武汉市首例疑似新型冠状病毒(2019-nCoV)感染性肺炎(NCIP)病例以来,截至2月10日,中国共报告确诊病例40235例,死亡909例, 2020年,在本地和国际上引起了恐惧。来自希腊雅典大学医学院和意大利国家能源与可持续交通科学与技术国家研究委员会的研究者发表题为《Data-Based Analysis, Modelling and Forecasting of the novel Coronavirus (2019-nCoV) outbreak》的论文,根据公开的2020年1月11日至2月10日湖北省的流行病学数据(WHO,CDC,ECDC,NHC和DXY),提供了主要流行病学参数(即基本繁殖数(R0)以及感染,恢复和死亡率,以及它们的90%置信区间。由于怀疑感染者的数量,尤其是那些无症状或轻度病程的感染者的数量远高于官方人数,在考虑已确诊感染病例数和康复病例数八倍的情况下重复了计算。计算和分析均基于均值敏感感染恢复死亡(SIRD)模型。因此,根据SIRD模拟,发现R0的估计平均值为2.5,而根据1月11日至1月18日确诊病例的官方计数计算得出的R0平均值为4.6。此外,根据这两种情况的估计参数,提供了震中中心疫情演变的初步三周预测。根据已确认病例的官方统计,到2月29日,累计感染人数将超过68,000(下限),并且可能达到140,000(上限为290,000)。关于死亡人数,模拟在此基础上进行预测。根据目前的官方数据和感染人群的估计数,到2月29日死亡人数可能会超过7,000。但是,我们的分析进一步揭示了可能造成各种因素的死亡率的显着下降,例如在中国湖北采取了严格的控制措施(例如,隔离和感染者的住院治疗),但也有望降低被感染者的死亡率。

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    苏丹的研究者发表题为《Design of multi epitope-based peptide vaccine against E protein of human 2019-nCoV: An immunoinformatics approach》预印本论文,使用免疫信息学方法设计针对2019-nCoV的多表位肽疫苗。重点介绍了一种有助于将免疫信息学方法与比较基因组方法相结合的技术,以确定以2019-nCoV包膜蛋白为靶标设计基于T细胞表位的肽疫苗的潜在靶标。结果是在2019-nCoV病毒株中通过比较测序发现了广泛的突变,插入和缺失;此外,有10种MHC1和MHC2相关肽是疫苗设计的有前途的候选者,其足够的世界人口覆盖率分别为88.5%和99.99%。结论:以包膜蛋白作为免疫原性靶标,针对2019-nCoV设计了基于T细胞表位的肽疫苗;但是,拟议中的基于T细胞抗原决定簇的肽疫苗需要迅速进行临床验证,以确保其安全性和免疫原性,从而在导致大规模全球性爆发之前协助制止这种流行病。

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    2020年初开始出现2019年新型冠状病毒(2019-nCoV)爆发。自从在中国武汉市首次报告该病例以来,2019-nCoV已传播到中国其他城市以及四大洲的多个国家。迫切需要更好地了解这种新型病毒并开发控制其传播的方法。考虑到2019-nCoV与严重急性呼吸系统综合症冠状病毒(SARS-CoV)之间的高度遗传相似性,并利用SARS-CoV的现有免疫学研究,香港科技大学的研究人员探索了针对2019-nCoV的疫苗设计。通过在SARS-CoV免疫原性结构蛋白中筛选实验所确定的SARS-CoV来源B细胞和T细胞表位,研究人员鉴定了一组来自突刺(S)和核衣壳(N)(这些蛋白与2019-nCoV蛋白相似)的B细胞和T细胞表位。由于在可用的2019-nCoV序列中(截至2020年1月29日)未在这些已确定的表位中观察到突变,因此这些表位的免疫靶向可能会提供针对2019-nCoV的保护作用。对于T细胞表位,研究人员对相关的MHC等位基因进行了人群覆盖率分析,并提出了一组表位,据估计这些表位将在全球以及中国提供广泛的覆盖范围。这项发现提供了一组筛选表位,可帮助指导针对开发靶向2019-nCoV疫苗的实验工作。

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