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2020年第2期(发布时间: Feb 10, 2020 发布者:蒋君)  下载: 2020年第2期.doc       全选  导出
1   2020-02-10 10:23:14.64 根据SARS-CoV的免疫研究初步鉴定2019-nCoV的潜在疫苗目标 (点击量:214)

通过在SARS-CoV免疫原性结构蛋白中筛选实验所确定的SARS-CoV来源B细胞和T细胞表位,鉴定了一组来自突刺(S)和核衣壳(N)(这些蛋白与2019-nCoV蛋白相似)的B细胞和T细胞表位。由于在可用的2019-nCoV序列中(截至2020年1月29日)未在这些已确定的表位中观察到突变,因此这些表位的免疫靶向可能会提供针对2019-nCoV的保护作用。对于T细胞表位,研究人员对相关的MHC等位基因进行了人群覆盖率分析,并提出了一组表位,据估计这些表位将在全球以及中国提供广泛的覆盖范围。这项发现提供了一组筛选表位,可帮助指导针对开发靶向2019-nCoV疫苗的实验工作。

2   2020-02-10 10:27:03.913 综合生物信息学分析提供了对2019-nCoV分子机制的洞察 (点击量:173)

在这项研究中,发现在健康人群和基础疾病患者中ACE2的表达没有显著差异,表明其易感性相对相似,这与目前的临床观察结果一致。此外,根据ACE2在吸烟人群中的表达,推断长期吸烟可能是2019-nCoV的危险因素。对SARS-CoV感染细胞ACE2的分析表明,ACE2不仅是一个受体,而且参与感染后的免疫应答、细胞因子分泌和病毒基因组复制等调控。该研究还构建了蛋白-蛋白质相互作用(PPI)网络,鉴定了病毒活性和细胞因子分泌中的hub基因。该研究的发现可以解释到目前为止的临床症状,并帮助临床医生和研究人员了解2019-nCoV的发病机制和设计治疗策略。

3   2020-02-09 11:38:25.073 2019-nCoV感染后胆管细胞特异性ACE2表达可能引起肝损伤 (点击量:162)

该研究使用两个独立队列的单细胞RNA-seq数据对健康肝脏组织中ACE2的细胞类型特异性表达进行了无偏差的评估,并鉴定到了胆管细胞中的特异性表达。结果表明,新冠病毒患者出现的肝损伤,可能是病毒直接与ACE2阳性胆管细胞结合导致胆管功能障碍,或是治疗药物引起的毒副作用,而不是病毒直接与肝细胞结合引起。这项研究结果表明,2019-nCoV患者应在住院期间和初愈后进行肝功能异常的专门护理。

4   2020-02-09 11:40:36.38 基因组机器学习分析表明武汉2019-nCoV与蝙蝠β冠状病毒之间存在关联 (点击量:163)

该研究使用MLDSP和MLDSP-GUI对2019-nCoV进行了分类,这是使用机器学习(ML)和数字信号处理(DSP)进行基因组分析的免比对方法。使用二维数值表示将基因组序列映射到其各自的基因组信号中。通过对基因组信号应用离散傅里叶变换来计算幅度谱。利用距离矩阵构造特征向量,并将其用作监督机器学习算法的输入。应用10倍交叉验证来计算平均分类准确性得分。经训练的分类器模型用于预测29个2019-nCoV序列的标签。分类策略使用了5000多个基因组,并在域到种的分类学水平上测试了关联。通过使用MLDSP-GUI的基于机器学习的无比对分析,研究人员证实了蝙蝠起源的当前假说,并将2019-nCoV分类为β冠状病毒中的Sarbecovirus。

5   2020-02-09 11:27:03.633 利托那韦和洛匹那韦对武汉肺炎冠状病毒作用靶点的分子模拟评估 (点击量:2)

通过同源模建,构建了武汉新型冠状病毒两种蛋白酶--冠状病毒内肽酶C30和类木瓜蛋白酶的结构模型,然后分别将利托那韦和洛匹那韦对接到蛋白酶模型上。在所有的拟合模型中,利托那韦与冠状病毒内肽酶C30的结合最为合适。另外,与木瓜蛋白酶样病毒蛋白酶相比,利托那韦和洛匹那韦似乎都更适合结合冠状病毒内肽酶C30。根据这些结果,研究人员认为克力芝对武汉肺炎的治疗作用可能主要是由于利托那韦对冠状病毒内肽酶C30的抑制作用。

6   2020-02-09 11:18:12.467 2019-nCoV的高分辨氨基酸序列 (点击量:2)

使用一种按DNA合成顺序筛选病原体的方法,确定了一些氨基酸序列,这些序列将2019-nCoV(武汉冠状病毒)与冠状病毒科中的所有其他已知病毒区分开来。 研究发现了三个独特序列的主要区域:1ab多蛋白QHO60603.1中的两个区域,表面糖蛋白QHO60594.1中的一个区域。

7   2020-02-08 11:04:50.81 2019-nCoV使用SARS冠状病毒受体ACE2和细胞蛋白酶TMPRSS2进入靶细胞 (点击量:4)

该研究证明2019-nCoV-S使用SARS冠状病毒受体ACE2进入,而细胞蛋白酶TMPRSS2用于2019-nCoV-S引发。TMPRSS2抑制剂阻止进入,可能构成治疗选择。该研究显示了来自恢复期SARS患者的血清中和了2019-nCoV-S对宿主细胞的进入。该研究结果揭示了2019-nCoV和SARS冠状病毒感染之间的重要共性,这可能会转化为相似的传染性和疾病发病机理。此外,也确定了抗病毒干预的潜在靶标。

8   2020-02-08 10:58:28.923 消化系统是2019-nCov感染的潜在途径:基于单细胞转录组的生物信息学分析 (点击量:2)

冠状病毒感染的前提条件是其进入宿主细胞。在此过程中,刺突糖蛋白识别宿主细胞受体并诱导病毒膜和细胞膜融合。在2019-nCoV感染中,与SARS-CoV感染相同,血管紧张素转化酶II(ACE2)被证明是细胞受体。2019-nCoV可以进入表达ACE2的细胞,但不能进入没有ACE2的细胞。因此,ACE2受体在2019-nCoV感染中起着至关重要的作用。为了探索2019-nCov的感染途径以及ACE2在消化系统感染中的作用,该研究基于公共数据库,并通过单细胞转录组鉴定了正常人肺和胃肠系统中表达ACE2的细胞组成和比例。令人惊讶的发现是ACE2不仅在肺AT2细胞中表达,而且在食管上层和分层的上皮细胞以及来自回肠和结肠的吸收性肠上皮细胞中也发现。此外,2019-nCov的肠道症状可能与侵袭表达ACE2的肠上皮细胞有关。

9   2020-02-08 10:46:57.153 《nature》--肺炎爆发与一种可能起源于蝙蝠的新型冠状病毒有关 (点击量:4)

该论文显示,武汉新型冠状病毒nCoV-2019的序列与一种蝙蝠中的冠状病毒序列一致性高达96%,也就是说,引发武汉新型冠状病毒的宿主可能仍然是蝙蝠。但目前不明确其间是否还有中间宿主。在所有测试的患者中观察到的病毒特异性核苷酸阳性和病毒蛋白血清转化提供了这种疾病与这种病毒的存在之间存在关联性的证据。但是,仍然有许多紧急问题需要解决。尚未通过动物实验来证实2019-nCoV与这种疾病之间的关联性以充分符合科赫法则(Koch's Postulates)。他们还不知道这种病毒在宿主之间的传播途径。这种病毒似乎在人与人之间传播的可能性越来越大了。人们应当密切监视这种病毒是否继续演变成更强的毒性。由于缺乏特异性治疗,并考虑到SARS-CoV与2019-nCoV之间的亲缘性,一些针对SARS-CoV的药物和临床前疫苗可能可以用于抵抗这种病毒。最后,考虑到SARSr-CoV在它们的天然病毒库中的广泛传播,未来的研究应当集中在更广泛的地理区域对它们进行主动监视。

10   2020-02-08 10:39:14.347 柳叶刀--对2019年起源于中国武汉的新型冠状病毒爆发的潜在国内和国际传播进行临近预报和预测:建模研究 (点击量:18)

根据目前搜集得来的数据测算感染人数和未来发展的预期。使用的数据来自中国疾病预防控制中心(Case definition of the Chinese Center for Disease Control and Prevention (CDC))提供的2019年12月31日至2020年1月28日之间的感染人数,使用的预测模型是susceptible-exposed-infectious-recovered (SEIR) 。根据这个模型来计算,该医学院科研团认为截止至1月25日,大武汉地区感染人数为75815人,而这个模型预测数据是大大超过目前的实际通报数字的。这篇早期估计强调,政府需要迅速扩大公共卫生控制措施,以防止武汉外的地区发生大规模疫情。进一步的分析表明,如果2019-nCoV的传播能力可以降低,那么全国所有城市的地方疫情的增长速度和规模都可以降低。